Châu bản triều Nguyễn ghi nhận những đợt dịch bệnh hoành hành ở nước ta lúc bấy giờ đã gây thiệt hại nghiêm trọng về người và của. Vì vậy, việc tấu báo tình hình dịch bệnh chậm trễ sẽ bị truyền chỉ trách cứ.
Năm Minh Mệnh thứ 21, tập của Hà Tĩnh trình bày huyện Kỳ Hoa hạt ấy vào tháng 2 bị dịch bệnh, sau lại truyền nhiễm đến các tổng xã trong huyện ấy, bị dịch chết 864 người cùng với thôn Hữu Quyền huyện Hoa Xuyên dịch chết 29 người, gộp lại 893 người.
Bộ thần vâng lệnh xét lần dịch bệnh này ở hạt ấy, chết nhiều đến hơn 890 người, xin nên theo lệ cấp tuất cho họ. Nhưng việc có quan hệ đến sự đau khổ của dân. Tỉnh ấy trước đã không chịu kiểm tra báo cáo, đến khi có dụ lệnh kiểm tra mới tâu lên lại rất chậm trễ, thật là không hợp lẽ. Truyền cho truyền chỉ trách cứ.
(Đám tang thời xưa)
Những biện pháp chống dịch chủ yếu lúc bấy giờ được đề cập trong nhiều văn bản là lập đàn cầu khấn và chế thuốc cấp phát cho người dân, đưa thầy thuốc đến tận nơi điều trị.
Lập đàn cầu đảo
Theo bản Tấu của Tổng đốc An Hà (An Giang, Hà Tiên) Nguyễn Công Nhàn vào năm Tự Đức thứ 13, ngày 20 tháng Chạp năm ngoái đến nay tại tỉnh lỵ, nhân dân có nhiều người bị bệnh cảm thời khí. Lúc đầu đau bụng thổ tả, sau vài ngày hôn mê bất tỉnh rồi chết.
Tỉnh thần đã vào lỵ sở thiết lập đàn cầu khấn, lại chi xuất tiền kho mua cây thuốc, chế thuốc, cấp phát điều trị và vào các đền linh thiêng thành tâm cầu khấn. Đến nay đã đỡ, xin đợi khi nào bệnh yên hết, sẽ tiếp tục tâu trình lên. Nếu cầu đảo linh nghiệm, tức là dịch bệnh qua khỏi thì sắm sửa lễ vật để đền đáp công ơn của thần.
Năm Thiệu Trị 6, Bộ Hộ tâu: Tập tâu của Hộ Đốc thần Định Yên (Nam Định, Hưng Yên) Phạm Duy Trinh trình bày, dân xã Ngoại Lãng, huyện Thư Trì thuộc hạt trước bị nhiễm dịch bệnh, đã sức cho quan huyện huyện âý cầu đảo và phái thầy thuốc điều trị. Nay đều đã yên ổn. Bộ thần vâng xét sức cho huyện viên huyện ấy sắm sửa lễ vật lễ tạ để đền đáp công ơn của thần. Cung nghĩ phụng chỉ: Chuẩn y lời tâu.
Cử thầy thuốc đến chữa trị, cấp phát thuốc
Bản Tấu của Bộ Hộ năm Tự Đức thứ 31 có nội dung: nhận được tờ tư của phủ thần tỉnh Trị Bình Vũ Khoa trình bày: theo huyện viên huyện Minh Linh (Vĩnh Linh) bẩm rằng, hạt ấy gần đây có dịch bệnh, các xã Thủy Ba, Thượng Lại có người nhiễm bệnh chết, mỗi xã khoảng 3-5 người. Quan tỉnh tỉnh ấy đã tạm chi 30 quan tiền công quỹ mua thuốc, sai thầy thuốc chữa trị.
Nay nhận được tờ tư của Tổng đốc Nghệ An Hồ Lệ trình bày: Dân trong huyện Hưng Nguyên đa phần bị nhiễm bệnh, 2 thôn Thục Nhượng và Ngọc Điền là nặng nhất, đã phái thầy thuốc Nguyễn Duy mua thuốc mang đến nơi điều trị. Đây là nội dung bản Tấu của Viện Cơ mật năm Thành Thái thứ 6.
Kiểm soát việc đi và đến nơi có dịch bệnh
Trong thời gian dịch bệnh hoành hành, việc đi và đến địa phương có dịch bệnh chịu sự kiểm soát chặt chẽ. Văn bản của Bố chánh sứ tỉnh Phú Yên vào năm Duy Tân thứ 8 trình bày: theo tờ bẩm của phủ viên phủ Tuy An Nguyễn Văn Hiền, thôn Mỹ Quang hạt đó bị dịch hạch. Nay dịch bệnh đã hết, sớm ngày 22 dương lịch tháng này, dân thôn đó đã được tự do ra vào, không phải cấm. Trong thời gian dịch bệnh, người thôn đó không được qua lại thôn khác và người thôn khác không được qua lại thôn đó.
Theo bản Tư trình của Tổng đốc Bình Phú, vào năm Thành Thái thứ 11, nội dung về việc tỉnh Khánh Hòa đang có dịch bệnh, các tấn ven biển hễ thấy thuyền buôn của tỉnh đó đến thì cho đậu ở nơi riêng và chỉ cho phu thuyền lên bờ mua thức ăn, phải đề phòng để không truyền nhiễm.
Tỉnh tôi lập tức sức cho các tấn thôn ven biển chiếu theo các điều trong điện văn đã nói để đề phòng. Nay nhận được tư văn của Công sứ, có nội dung về tạm cấm thuyền tỉnh Khánh Hòa đến các tấn, trong khoảng 40 ngày. Tỉnh tôi đã sức cho các tấn thôn ven biển tuân theo thực hiện. Vậy xin tư trình quan đại thần Viện Cơ mật.
Thiêu hủy căn nhà có người bệnh dịch, dọn dẹp đường sá
Trước tình hình dịch bệnh vào năm Thành Thái thứ 11, Lãnh Tổng đốc Thuận Khánh tư trình gấp:
"Hai xã Ngọc Hội và Phương Sài, huyện Vĩnh Xương từ tháng Chạp năm ngoái đến tháng Giêng năm nay nhân dân bị bệnh dịch hạch, 23 người chết. Ngày 28 tháng trước, đã đốt các nhà cửa có người bị bệnh ở xã đó và đưa thân nhân của họ đến nhà thương. Đến nay đã tương đối yên.
Vậy mà một tuần nay bệnh đó lại tái phát trở lại, 2 xã đó và xã Vĩnh Điềm, tổng cộng có 10 người bị chết. Quý quan lại thiêu đốt các nhà có người bị bệnh và đưa thân nhân của họ đến nhà thương, nhắc nhở nhân dân tuân theo các điều cấm của quý quan, dọn dẹp nhà cửa đường sá sạch sẽ để tránh truyền nhiễm và từ sau nếu có người nào bị bệnh lập tức báo ngay, không được dấu giếm. Vậy xin tư trình quan đại thần Viện Cơ mật soi xét".
Bản Tấu của Bộ Binh năm Duy Tân thứ 4 đề cập: Tháng 5 năm nay, nhận được tờ tư của quan Đô thống sung Đô đốc Nha Hộ thành Vũ Văn Đại trình bày: Tháng 3 năm nay, nhân dân trong thành nhiều người bị dịch bệnh, sau đó bàn phái các viên binh đến giúp các gia đình bị bệnh, trông nom bệnh nhân và cử người đến các bộ nha và các phường trừ bỏ các uế độc. Nay dịch bệnh may đã hết mà bọn họ cử đi giúp đỡ chăm sóc dân và lo liệu việc mai táng, tẩy trừ uế khí không ai dám ngại khó. Nên làm tờ tư xin xem xét ban thưởng cho họ.
Như vậy, cách chúng ta hàng trăm năm, để chống dịch bệnh, việc kết hợp cả biện pháp về tâm linh với các phương thuốc được coi là hiệu quả và sử dụng thường xuyên. Đến những năm cuối thế kỷ 19, đầu thế kỷ 20, dưới thời Thành Thái, Duy Tân, kết hợp thêm các biện pháp vệ sinh, tẩy uế nhà cửa đường sá và kiểm soát chặt chẽ việc di chuyển đi và đến nơi có dịch bệnh.